मल का पीएच सामान्य रूप से तटस्थ या थोड़ा क्षारीय होता है (6.8 - 7.5)। केवल नवजात शिशु में अधिक अम्लीय, शारीरिक रूप से मल, आंतों में संक्रमण (एस्चेरिचिया कोलाई, रोटावायरस) या पाचन विकार, जैसे लैक्टोज या वसा असहिष्णुता (अग्नाशयी अपर्याप्तता रक्तस्रावी या पित्त के ठहराव) का संकेत हो सकता है।
अगर स्टूल का पीएच पुटेरिऐक्टिव डिस्बिओसिस की उपस्थिति में बढ़ जाता है, तो यह किण्वक डिस्बिओसिस की उपस्थिति में नीचे चला जाता है, जिनके मूल कारण कार्बोहाइड्रेट के अत्यधिक अंतर्ग्रहण या उसी (सीलिएक रोग) के खराब अवशोषण में पाए जाते हैं। । यहां तक कि प्रचुर मात्रा में लिपिड सेवन, शाकाहारी आहार और लंबे समय तक उपवास में, मल की पीएच अम्लीय हो जाती है।
परीक्षा के परिणामों को विकृत करने से बचने के लिए, मल मूत्र से दूषित नहीं होना चाहिए और मूत्र अमोनिया को रोकने के लिए तेजी से ठंडा होना चाहिए और पुटीय सक्रिय बैक्टीरिया मल पीएच क्षारीय बनाते हैं।