गर्भनिरोधक गोली लेना रक्त कोलेस्ट्रॉल के मूल्यों को प्रभावित कर सकता है। इस प्रभाव का वजन गर्भनिरोधक के प्रकार पर निर्भर करता है, विशेष रूप से एस्ट्रोजेन और प्रोजेस्टोजेन की एकाग्रता। गर्भनिरोधक गोलियों में निहित एस्ट्रोजेन खराब (एलडीएल) को कम करते हुए अच्छे कोलेस्ट्रॉल (एचडीएल) के स्तर को थोड़ा बढ़ाते हैं; ट्राइग्लिसराइड्स में महत्वपूर्ण वृद्धि के साथ अंतिम परिणाम कुल कोलेस्ट्रॉल में मामूली वृद्धि है। गर्भनिरोधक गोलियों में निहित प्रोजेस्टोजेन पर विपरीत प्रभाव पड़ेगा, जिससे एचडीएल का हिस्सा घटकर एलडीएल कोलेस्ट्रॉल बढ़ने की प्रवृत्ति बढ़ जाती है।