गैस्ट्रिक सामग्री की मजबूत अम्लता पेट को वायरस और बैक्टीरिया के लिए विशेष रूप से शत्रुतापूर्ण वातावरण बनाती है। केवल एक प्रजाति, हेलिकोबैक्टर पाइलोरी, स्थायी रूप से जीवित रहने और मानव गैस्ट्रिक म्यूकोसा का उपनिवेश करने में सक्षम है। बाकी के लिए, अधिकांश अंतर्ग्रहण सूक्ष्मजीव कुछ ही मिनटों में तेजी से नष्ट हो जाते हैं।
इन विट्रो में किए गए कई अध्ययनों से पता चला है कि एक विस्तृत और प्रभावी जीवाणुनाशक कार्रवाई के कारण पीएच विशेष रूप से कम होना चाहिए। विशेष रूप से, 2.0 या उससे कम का पीएच आमतौर पर सभी जीवाणुओं को मारता है; हालाँकि, ऐसी अम्लता पेट में उपवास की स्थिति में ही मौजूद होती है, जबकि भोजन के बाद भोजन की उपस्थिति (मुख्य वाहन जिसके साथ बैक्टीरिया पेट में प्रवेश करते हैं) अस्थायी रूप से पीएच को 4-5 मान तक बढ़ा देता है।
टाइम फैक्टर पर भी विचार किया जाना चाहिए, क्योंकि पीएच कम है, एक पूर्ण जीवाणुनाशक कार्रवाई प्राप्त करने के लिए कम समय की आवश्यकता होती है, और इसके विपरीत। हालांकि, 3.5 से ऊपर के पीएच मानों में बहुत खराब जीवाणुनाशक प्रभाव होता है, जबकि 4 से अधिक पीएच का एक शून्य जीवाणुनाशक प्रभाव होता है।
हाल के वैज्ञानिक सबूत दर्शाते हैं कि जीवाणुनाशक गतिविधि न केवल गैस्ट्रिक अम्लता से निर्धारित होती है, बल्कि पेप्सिन (प्रोटीन पाचन में शामिल प्रोटियोलिटिक एंजाइम) द्वारा भी निर्धारित की जाती है। कुछ एंटीबायोटिक गतिविधि गैस्ट्रिक जूस में मौजूद कुछ एंजाइमों, जैसे डिफेंसिन्स और लैक्टोफेरिन से भी होती हैं।
माइक्रोबियल मोर्चे पर, गैस्ट्रिक रस की जीवाणुनाशक गतिविधि के लिए विभिन्न सूक्ष्मजीवों के अस्तित्व को कुछ खाद्य घटकों के साथ लिंक द्वारा इष्ट किया जा सकता है; उदाहरण के लिए, यह दिखाया गया है कि दूषित प्रोटीन खाद्य पदार्थों (जैसे अंडे या मांस) के साथ एलिमेंटरी नहर में पेश किए जाने पर साल्मोनेला की मात्रा काफी अधिक होती है।
स्पष्ट रूप से, यहां तक कि एंटासिड दवाओं या प्रोटॉन पंप अवरोधकों का उपयोग, गैस्ट्रिक पीएच को कम करके, पेट के अंदर बैक्टीरिया के अस्तित्व को बढ़ावा देता है। इसके अलावा, जैसे-जैसे बैक्टीरिया लोड बढ़ता है (बैक्टीरिया की संख्या बढ़ जाती है), कुछ सूक्ष्मजीवों की संभावना भी बढ़ जाती है।
विषाक्त पदार्थों और बीजाणुओं की समस्या पर भी विचार किया जाना चाहिए। विषाक्त पदार्थ बैक्टीरिया या उनके घटकों द्वारा उत्पादित पदार्थ होते हैं, जो गैस्ट्रिक अम्लता द्वारा जीवाणु को मारने पर भी क्षति (भोजन की विषाक्तता) पैदा कर सकते हैं। बीजाणु विचित्र रूप हैं, जिसमें कुछ बैक्टीरिया पर्यावरणीय परिस्थितियों के प्रतिकूल होने पर वापस ले लेते हैं, लेकिन फिर जैसे ही परिस्थितियां अनुमति देती हैं, फिर से सक्रिय हो जाती हैं; क्लोस्ट्रीडियम डिफिसाइल स्पोर्स, उदाहरण के लिए, गैस्ट्रिक एसिडिटी बरकरार है और फिर पेट में अंकुरण होता है।
बैक्टीरिया की तुलना में, वायरस आमतौर पर पेट के अम्लीय वातावरण से बचने की अधिक संभावना है। आश्चर्य नहीं कि नोरोवायरस (नॉरवॉक वायरस), रोटावायरस, एस्ट्रोवायरस और एडेनोवायरस के वायरस अक्सर संक्रामक डायरियाल रूपों (वायरल गैस्ट्रोएंटेरिटिस) की उपस्थिति में शामिल होते हैं।
