भ्रूण को टोक्सोप्लाज्मोसिस के संचरण की संभावना गर्भकालीन अवधि के अनुसार बदलती है जिसमें मां ने संक्रमण को अनुबंधित किया है: गर्भावस्था की शुरुआत में जोखिम कम है और समय की प्रगति के साथ बढ़ता है। इसके विपरीत, बच्चे द्वारा बताई गई क्षति की गंभीरता अधिक होती है, जितनी जल्दी मातृ-भ्रूण संचरण होता है। गर्भधारण के छठे महीने के भीतर अनुबंधित संक्रमण के मामलों में गर्भपात हो सकता है, समय से पहले जन्म या जन्म के समय भ्रूण कोरियोरेटिनिटिस, हाइड्रोसिफ़लस (या माइक्रोसेफाली) और इंट्रानैरेनियल कैल्सीफिकेशन पेश कर सकता है। ये न्यूरोलॉजिकल संकेत चकत्ते, ऑप्टिक तंत्रिका शोष, निस्टागमस, पीलिया, मायोकार्डिटिस और निमोनिया से जुड़े हो सकते हैं।
टोक्सो टेस्ट द्वारा संभावित टॉक्सोप्लाज्मोसिस के संभावित और सत्यापित किए जाने के मामले में, यह जानने के लिए कि क्या वास्तव में टोक्सोप्लाज्मा गोंडी ने प्लेसेंटल बाधा को पार कर लिया है और संक्रमित बच्चे को एमनियोसेंटेसिस (गर्भावस्था के 15 वें सप्ताह से पहले नहीं) का निष्पादन इंगित किया गया है। जांच के दौरान लिए गए एमनियोटिक द्रव के नमूने और पीसीआर (पोलीमरेज़ चेन रिएक्शन) के अधीन परजीवी डीएनए की उपस्थिति की पुष्टि करने की अनुमति देता है, इस प्रकार भ्रूण के संक्रमण का निदान किया जाता है। दूसरी ओर, अल्ट्रासाउंड निगरानी भ्रूण के नुकसान (इंट्राक्रानियल कैल्सीफिकेशन, हाइड्रोसिफ़लस, हेपेटोमेगाली, अंतर्गर्भाशयी विकास मंदता) के लक्षण दिखा सकती है। जन्म के बाद, जन्मजात टोक्सोप्लाज्मोसिस के संदेह की पुष्टि सीरोलॉजिकल जांच और बीमारी के संकेतों की उपस्थिति से होती है, जो कई वर्षों के बाद भी दिखाई दे सकती है, खासकर चिकित्सा के अभाव में।
