सक्षम इकाइयों द्वारा एवियन इन्फ्लूएंजा के लिए स्थापित स्वास्थ्य नियंत्रण न केवल जानवरों की मौतों से उत्पन्न होने वाले आर्थिक प्रभाव से जुड़ा है, बल्कि यह सार्वजनिक स्वास्थ्य के लिए विशेष भय भी पैदा करता है । अधिकांश विशेषज्ञों की चिंता यह है कि नए वायरल उपप्रकार मनुष्यों में बीमारी का कारण बन सकते हैं और सबसे बढ़कर, व्यक्ति से दूसरे व्यक्ति में संचारित होते हैं। टाइप ए से संबंधित इन्फ्लुएंजा वायरस, वास्तव में, उच्च आवृत्ति के साथ आनुवंशिक पुनर्मिलन की घटना से गुजरना; यह नए मेहमानों के लिए अनुकूल क्षमता की अनुमति देता है और नए वायरल उपभेदों की निरंतर उपस्थिति को निर्धारित करता है। ये उत्परिवर्तन हो सकते हैं, उदाहरण के लिए, जब एक मानव वायरस और एक एवियन वायरस उनकी आनुवंशिक विरासत का "आदान-प्रदान" करता है या जब एक पशु प्रजाति का वायरस दूसरे से गुजरता है (पक्षियों से सूअरों का मार्ग विशेष रूप से खतरनाक होता है) इसलिए, ऐसी संभावना है कि एक पशु टैंक से एक नया वायरस उत्पन्न हो सकता है जिसके लिए आदमी अतिसंवेदनशील है (जैसा कि पिछली शताब्दी में हुआ था, उदाहरण के लिए, 1919 के स्पेनिश ए-एच 1 एन 1 वायरस या एशियाई से 1957 का ए-एच 2 एन 2)।
किसी भी अंतर-पारेषण संचरण से रोग विश्व स्तर पर फैल सकता है, इस प्रकार एक एवियन इन्फ्लूएंजा फ्लू महामारी का कारण बन सकता है। वर्तमान में, सबसे अधिक महामारी क्षमता वाले वायरस H5N1 और H7N9 रहते हैं क्योंकि वे मुर्गियों के बीच घूमते रहते हैं और लोगों में गंभीर बीमारी का कारण बन सकते हैं। अन्य वायरस उपप्रकार एक महामारी को ट्रिगर कर सकते हैं, लेकिन जोखिम कम माना जाता है।
