व्यक्तिगत सुरक्षा उपायों और वाहक के पर्यावरण नियंत्रण के अलावा, जापानी एन्सेफलाइटिस को टीकाकरण द्वारा रोका जा सकता है।
Ixiaro वैक्सीन, पहले से ही संयुक्त राज्य अमेरिका में FDA (फूड एंड ड्रग एडमिनिस्ट्रेशन) द्वारा अनुमोदित और EMEA (यूरोपियन मेडिसिन एजेंसी) द्वारा अधिकृत है, इसे डेल्टोइड क्षेत्र (ऊपरी बांह) में इंट्रामस्क्युलर रूप से प्रशासित किया जाता है, 2 हार में, दूसरा जो पहले के 4 सप्ताह बाद टीका लगाया जाता है। अच्छे सक्रिय टीकाकरण के लिए, जापानी एन्सेफलाइटिस वायरस के संभावित संपर्क से टीकाकरण चक्र को कम से कम एक सप्ताह पहले पूरा किया जाना चाहिए।
जापानी एन्सेफलाइटिस वैक्सीन की सिफारिश उन यात्रियों के लिए की जाती है जो स्थानिक क्षेत्रों में लंबे समय तक बाहर रहते हैं, जिस मौसम में संक्रमण का संचरण अधिक होता है; हालाँकि, यह 18 वर्ष से कम आयु के व्यक्तियों, गर्भवती और स्तनपान कराने वाली महिलाओं के लिए नहीं है।
