तथाकथित putrefactive आंतों के वनस्पतियों में प्रोटीन और छोटे पेप्टाइड्स को पचाने की क्षमता होती है जो पाचन और प्रवेश अवशोषण से बच गए हैं।
सड़न, आश्चर्यजनक रूप से नहीं, प्रोटीन अपघटन की प्रक्रिया है। यह तथ्य कि एक उच्च प्रोटीन आहार मुख्य रूप से पुटीय सक्रिय आंतों के जीवाणु वनस्पतियों के विकास का पक्षधर है, आकस्मिक नहीं है।
समस्याएं इस तथ्य से उत्पन्न होती हैं कि, प्रोटीन से शुरू होकर, ये बैक्टीरिया विभिन्न पदार्थ (अमीन, अमोनिया, फिनोल, इंडोल) उत्पन्न करते हैं; इनमें से कुछ (विशेष रूप से एमीनेस) पेट फूलना एक अप्रिय गंध (जैसे पुट्रेसिन और कैडवेरीन) देते हैं, जबकि अन्य विशेष रूप से विषाक्त या यहां तक कि कैसरजन हैं।
केवल नाइट्रोसेशन की प्रतिक्रियाओं के बारे में सोचें जिनसे कार्सिनोजेनिक यौगिक उत्पन्न हो सकते हैं, जैसे नाइट्रो-एमाइन। यह बताता है कि क्यों मांस और फलों और सब्जियों से कम आहार में कोलोरेक्टल कैंसर का खतरा बढ़ जाता है।
