मार्बर्ग वायरस की सटीक उत्पत्ति अभी भी अज्ञात है। वर्तमान में, यह माना जाता है कि जिस बीमारी के लिए वह जिम्मेदार है, वह एक जूनोसिस हो सकता है, अफ्रीकी महाद्वीप के मूल निवासी एक या अधिक जानवरों द्वारा बनाए रखा जाता है। हालांकि, आज तक किए गए शोध ने रोग के प्राकृतिक जलाशय की पहचान करने की अनुमति नहीं दी है, हालांकि कई कशेरुक और आर्थ्रोपोड का विश्लेषण किया गया है।
विश्व स्वास्थ्य संगठन के अनुसार, मानव वायरस के प्राकृतिक चक्र का हिस्सा नहीं है, इसलिए संक्रमण मूल रूप से एक अन्य संक्रमित प्राइमेट के साथ आकस्मिक संपर्क के कारण होगा। वास्तव में, संचरण को कुछ प्रजातियों के बंदरों के माध्यम से प्रलेखित किया गया है, जो संभवतः मार्बर्ग वायरस के लिए "प्रवर्धित अतिथि" के रूप में कार्य करते हैं। इसके अलावा, कुछ सबूत बताते हैं कि चमगादड़ के संपर्क में आने से प्राइमेट्स संक्रमित हो सकते हैं ।
