यद्यपि आज यह हमारे लिए स्पष्ट लग सकता है, यह स्पष्ट है, सहस्राब्दी के लिए आदमी ने इस बात को अनदेखा कर दिया है कि कुछ बीमारियों का कारण सूक्ष्म जीव थे।
1600 तक, स्वतःस्फूर्त पीढ़ी का तथाकथित सिद्धांत, जिसके अनुसार कुछ जीव निर्जीव पदार्थ से अनायास उत्पन्न हो सकते हैं, को वैध माना जाता था। क्लासिक उदाहरण लार्वा का है, जो कि मांस को सड़ने से बचाने में सक्षम है।
इस सिद्धांत को अमान्य करने वाले पहले टस्कनी के ग्रैंड ड्यूक के निजी चिकित्सक फ्रांसेस्को रेडी थे। रेडी ने दो अलग-अलग कंटेनरों में ताजे मांस के दो टुकड़े रखे, पहला खुला छोड़ दिया और एक रेटिना के साथ मक्खियों से बाद की रक्षा की। कुछ दिनों के बाद उन्होंने देखा कि केवल खुले बर्तन में लार्वा रेंग रहा था। इसलिए, रेडी ने दिखाया कि लार्वा कुछ भी नहीं से उत्पन्न होते हैं, लेकिन मक्खियों द्वारा रखे गए अंडे से प्राप्त होते हैं।
सूक्ष्मजीवों के अस्तित्व ने केवल अठारहवीं शताब्दी में बोलना शुरू किया, इसके लिए मोडेना लाज़ारो स्पल्ज़ानानी के अध्ययन के लिए धन्यवाद, जिन्होंने पहली बार चिकित्सा साहित्य में "रोगाणु" शब्द गढ़ा और पेश किया। हालांकि, जीवाणुओं की खोज का श्रेय एंटनी लीउवेनहॉक (1632-1723) को दिया जाता है, जो कि माइक्रोस्कोप के एक ऊतक व्यापारी शौकीन हैं।
लीउवेनहॉक ने देखा कि कैसे, अपने दांतों को ब्रश करने के बाद, टैटार जमा में "जीवित जानवर" थे। इस खोज को ऑप्टिकल माइक्रोस्कोप के अनुकूलन द्वारा संभव बनाया गया था, जिसे लीउवेनहोएक ने खुद बनाया था और बाद में हुक ने और सुधार किया।
हालांकि, आधुनिक माइक्रोस्कोप के आगमन ने सहज पीढ़ी के सिद्धांत के बारे में नए प्रश्न खोले। पहली टिप्पणियों से, वास्तव में, ऐसा लगता था कि थोड़े समय में एक कार्बनिक पदार्थ की हवा के सीधे संपर्क में आने से इसकी सतह पर कीटाणुओं का विकास हुआ।
रोगाणुओं की सहज पीढ़ी की परिकल्पना को पूरी तरह से खारिज करने के लिए, फ्रांसीसी जीवविज्ञानी लुई पाश्चर ने हस्तक्षेप किया। पाश्चर एक लंबे गर्दन वाले ग्लास फ्लास्क के अंदर उबला हुआ शोरबा, धूल के प्रवेश (और इसमें मौजूद बैक्टीरिया) को रोकने के लिए एक विशेष एस-आकार की चोंच से लैस है। पाश्चर ने पाया कि इन उपायों की बदौलत शोरबे में बैक्टीरिया नहीं पनपते हैं और इसलिए, कीटाणु अनायास उत्पन्न नहीं होते हैं।
